Nemesis 3 es el primer y único juego de la saga Nemesis que permite elegir entre naves con diferentes armamentos. Son 4 los modelos de Vixen seleccionables, algunos mejores que otros. El armamento es bastante amplio, ya que se añaden 6 armas extras a las disponibles desde el principio. Esta nave fue creada por la Agencia de Ciencia y Tecnología de Nemesis.

 David Burton es el piloto de la Vixen. Descendiente directo de James Burton, tiene las mismas habilidades y capacidad de percepción extrasensorial que su antepasado, razón por la que fue elegido para afrontar la difícil misión de viajar al pasado, derrotar a los Bacterion y salvar al bebé James Burton. En el viaje le "acompaña" Gaudie, el ordenador con mayor inteligencia artificial creado en Nemesis. Éste le informará de los movimientos de los Bacterion, así como de la ubicación de James Burton según los mapas que han de recoger durante la aventura.

Armamento

 Power Up- Cápsula de energía.

 Blue Power- Como en Nemesis y Nemesis 2, destruye a todos los enemigos que haya en pantalla.

Vixen Roja

Es muy parecida a la VicViper y Metalion en las armas iniciales. Es bastante buena.

Speed Up- El límite es 7 en todas las Vixen. En este juego se nota un poco menos el incremento de velocidad. Tener más de 4 es arriesgado.

 Beam- El disparo inicial de las 4 Vixen.

Missile- El misil típico de la saga Nemesis. Muy rápido pero de poco poder destructivo.

Tail Beam- Disparo doble, uno por delante y otro por detrás. Bastante lento, pero útil casi al final del juego.

Laser- No necesita potenciarse.

Multiple- En Nemesis 3 los options se llaman multiples. Se puede elegir: si se quiere que se  muevan libremente, que estén fijos detrás de la nave (como con el Option Hold de Salamander), o girando alrededor de esta (al igual que en Nemesis 2 con el ítem Option Ring). El límite es de 2.

Force Field/Shield- La Force Field cubre toda la nave, pero sólo aguanta 5 golpes (y ni siquiera uno de algunos Bosses). El segundo sigue siendo exactamente igual al de Nemesis.

Vixen Verde

Similar a la anterior, pero, para mi gusto, ésta es la mejor nave del juego.

Photon Missile- Este misil es mucho más lento que el tradicional, pero tiene muchísima más potencia.

Vixen Amarilla

No es mala nave, pero creo que es bastante inferior a las anteriores, sobre todo por las patéticas armas extra que tiene.

Napalm Missile- Tan lento como el Photon y sin tanta potencia. Sin embargo, cuando choca con un enemigo realiza múltiples explosiones que pueden impactar contra otros. Es como el de Nemesis 2, pero un poco más lento.

Ripple Laser- Igual que en Salamander.

Vixen Azul

Muy parecida a la Sabel Tiger y Thrasher. Me parece la peor nave de todo el juego (también con las peores armas extra del juego).

Two Way Missile- Tiene la misma rapidez y potencia que el missile normal, pero se mueve como en Salamander: va hacia arriba en la parte superior de la pantalla, y hacia abajo en la inferior.

Armas Extra

 Hay una escondida en cada fase, desde la 2 a la 8, ambas inclusive. Cada nave tiene unas armas extra propias, aunque también comparten otras.

Fase 2:

Meteor Laser- Láser con gran poder de penetración. Venido directamente de Salamander. Es exclusivo de la Vixen Roja.

Twinkle Laser- De características similares al anterior. Exclusivo de la Vixen Verde.

Fire Blaster- ¡Horror! Vuelve la peor arma de toda la saga. Igual de mala que en Nemesis 2. Para las Vixen Amarilla y Azul.

Fase 3:

Screw Laser- Láser ancho. Difiere al de Salamander. Para las Vixen Roja y Verde.

Extend Blaster- El Fire Blaster doble. Que nadie se engañe, por su alcance sigue siendo igual de malo (Vixen Amarilla y Azul).

Fase 4:

Up Laser- Láser que va hacia arriba. No necesita potenciarse (para todas las Vixen).

Fase 5:

Down Laser- Láser que va hacia abajo. No necesita potenciarse, y, al contrario que en Nemesis 2, es compatible con cualquier tipo de missile (para todas las Vixen).

Fase 6:

Down Double- Es el double hacia abajo (para todas las Vixen).

Fase 7:

Hawk Missile- Misil que sortea los desniveles del terreno (Vixen Roja).

Photon Hawk- Photon Missile que sortea los desniveles (Vixen Verde).

Napalm Hawk- Napalm Missile que sortea los desniveles (Vixen Amarilla).

Two Way Hawk- Two Way Missile que sortea los desniveles (Vixen Azul).

Fase 8:

Guided Missile- Es como el Homming Missile de Salamander, con sus mismos defectos (para todas las Vixen).

Ítems

 Sólo hay tres, uno en la fase 9 y dos en la 10.

  Mega Laser- Láser gigantesco. Muy útil para abrir camino.

ESP Device- Dispositivo extrasensorial. Sirve para encontrar armas ocultas y los mapas.

Space Fighter Shield- Esencial al final del juego.